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抗新型冠狀病毒藥物篩選虛擬模型開放共享

來源:科技日報    時間:2020-02-07 10:10:35    編輯:陳姝悅


  6日,青島海洋科學與技術試點國家實驗室(以下簡稱海洋試點國家實驗室)傳來喜訊:為了加速對抗新型冠狀病毒的藥物篩選進程,海洋試點國家實驗室基于“藍色藥庫”研發(fā)基礎,利用全國各地科學家們貢獻的海洋天然產(chǎn)物信息,通過生物信息學分析研究病毒基因的保守性,結(jié)合知識圖譜技術收集類似蛋白結(jié)構(gòu)信息,確立了病毒配體Spike蛋白、病毒受體ACE2蛋白、病毒蛋白酶PLpro(papain-like protease)和Mpro(3C-like protease或main protease)、介導病毒RNA帽子的甲基化修飾的nsp16、與病毒轉(zhuǎn)錄復制相關的RdRp(RNA-dependent RNA polymerase)和潛在的病毒用于干擾宿主免疫的X domain蛋白共7個藥物篩選靶點,通過同源模建、分子動力學模擬等手段,構(gòu)建了可直接用于虛擬藥物篩選的靶點口袋。
 
  據(jù)海洋試點國家實驗室科研人員介紹,上述這些數(shù)據(jù)信息已于2月2日向全社會開放共享。
 
  據(jù)不完全統(tǒng)計,從開放到2月6日的4天時間里,有來自國內(nèi)外高校、醫(yī)藥企業(yè)和科研院所等近百家單位進行了注冊下載。據(jù)分析,對目前7個靶點模型關注熱度不盡相同。依據(jù)下載頻次,目前關注度較高的為“Spike蛋白的RBD”靶點,其他6個靶點關注度基本相似。
 
  共享信息發(fā)布后,多家研究機構(gòu)及藥企的科研與工程技術人員圍繞藥物虛擬篩選、篩選數(shù)據(jù)分析、藥物計算軟件開發(fā)與應用以及化合物藥理研究等方面與海洋試點國家實驗室科學家進行了深入交流和研討,提出了許多有益的建議,并探討合作機制和途徑,進一步推動了相關后續(xù)工作。
 
  為打贏新型冠狀病毒疫情防控阻擊戰(zhàn),海洋試點國家實驗室將繼續(xù)發(fā)揮多學科交叉、大平臺、大協(xié)作的優(yōu)勢,不斷拓展藥物苗頭分子篩選數(shù)據(jù)庫。目前,針對病毒靶點的分子對接和分子動力學模擬計算正在緊張進行之中,據(jù)預測有望獲得2000余個苗頭化合物,同時加速研究分子與細胞水平的生物實測驗證。這些數(shù)據(jù)信息海洋試點國家實驗室將會加快向全社會開放共享,以推進防控藥物研發(fā)進程。(王建高)
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